仕天草家、志岐家的“天草五人众”等豪族。他们招募各地浪人，最终推举天草四郎作为总大将。

在天草四郎的领导下，起义军迅速占领岛原半岛南部的原城，于城上竖立起十字架，挂上画有十字架和圣像的旗帜。他们宣布要推翻幕府，建立“地上天国”，成立天主教信仰的新政府。据统计，参加暴动的教民共三万七千余人，其中有战斗力的为一万三千余人。

同年12月，幕府先后接到岛原、天草农民起义的消息，急忙派遣板仓重昌为幕府毒使，赴九州领导镇压起义军。板仓到达九州后”对起义军发动两次进攻”但均以失败告终。

因此，幕府又派谴松平信纲前往九州督战。获此消息后，板仓感到幕府对自己不信任。，鳃年元旦，在松平信纲到达九州之前，板仓对原城起义军发动了突击进攻。但是在天草四郎领导的原城义军的奋力抗战下，板仓军队大败”损失三千九百余人”板仓重昌战死。

松平信纲到达九州后，以板仓的失败为教训，采用包围的战术”企图等待城中粮尽”义军自动瓦解。与此同时，没有什么办法的幕府军居然请求荷兰人帮忙炮击原城。但是荷兰人也没有多少大炮，攻击同样的不给力，一番折腾之后仍然没有什么实际效果。

别看荷兰人也是信天主教的，但他们动起手来也一点不会客气。

看到这个，大伙是不是有些眼熟。没错”这几乎就是中国太平天国起义的前奏。当年”欧美列强照样是帮助鞑子，一点儿也没有考虑什么香火之情。

然而”由于围城，粮食缺乏”义军战斗力大大下降。1638年2月28日，幕府军发动十余万军队对义军发起总攻击，因饥饿力衰，义军大败，原城陷落。天草四郎及其属下全部义军战死。岛原、天草农民起义宣告失败。

岛原之乱结束后，幕府的各藩也受到了严厉的处罚，松仓家的当主被判斩首之刑，天草领的领主寺泽高坚被减封，后来在江户发狂