晚清新式6军做出了一定的贡献，积功升至都统，后受清廷重用，督办新疆军务。

“己亥之乱”后，清朝灭亡。华夏共和国成立，荫昌顺应大势，在新疆易帜加入华夏共和国，为防止新疆从中国分裂出去立下了功劳，李鸿章就任华夏共和国执政后，授荫昌6军中将军衔，命荫昌及其部下继续留任新疆。华俄战争期间，在俄国支持下，新疆叛匪动了大规模叛乱，接应从哈萨克来的俄军侵入新疆，荫昌虽然从军日久，并且在德国和奥地利学习过6军，但军事才能有限，面对这突如其来的变故。处置不力，以至于叛军攻至乌鲁木齐城下，幸亏王士珍当机立断，及时率军出击，趁叛军立足未稳。一举击破叛军，随后黄锦尚不顾地势险恶补给缺乏率军乘胜追击，连续作战，不给叛军以喘息之机，以迅雷不及掩耳之势平息了新疆的叛乱（黄锦尚因此役手段过于狠辣而被西方报纸称为“黑暗天使”）。

新疆的叛乱平息后，消息传回国内，很多人指责留守新疆的荫昌和连顺防守不利，以至于酿成大乱，险些动摇全局，要求对他们追究责任。结果连顺闻讯后羞惧交加，服毒自杀，荫昌也曾举枪自尽，为部下所阻。孙纲得知后亲自给荫昌了电报以示抚慰，以“镇守新疆多年。劳苦功高，兵事将略本非其所长，虽一时处置不当，不掩前功”平息了外界的议论，在奖励新疆平叛战役有功人员的同时也给荫昌授与了境虎勋章以奖励他的功劳，命荫昌来京“另行委以重任”荫昌感激涕零，交卸了职务后回到了北京，先在军务部协助军需后勤工作，华俄战争结束后后勤部成立，荫昌又进入了后勤部任职。

对于荫昌，孙小纲了解得还是比较清楚的，这个人经过晚清官场多年的历练，处事很是圆滑，并且通晓德语，但资质相对较为平庸，军事才能和政治才能都不突出，当初李鸿章是为了笼络满族权贵稳定政局而授予他6军中将军衔的，当时军中多有人对此不满，幸亏荫昌早年同段棋瑞冯国璋王